Desbravadores vindos do Rio Verde, chegaram à localidade no século XVII, por volta de 1692 em busca de ouro. Transpondo os contrafortes da Serra da Mantiqueira, os paulistas Antonio Delgado da Veiga, seu filho João da Veiga e Manoel Garcia alcançaram um sítio que chamaram de Maependi, do tupi-guarani: Mbaé-pindi cujo significado é "clareira na mata", "picada que da passagem", "atalho".

Esta foi a primeira referência do nome da cidade.

A primeira casa foi construída em 1717, na margem esquerda do rio, pelo português Tomé Rodrigues Nogueira do Ó, o provedor dos quintos do Registro da Mantiqueira. Ele foi o primeiro Capitão-Mór de Baependi. Posteriormente, na margem direita, surgiu um pequeno povoado, sendo ali construída, no ano de 1754, uma capela em honra à santa espanhola Nossa Senhora do Mont-Serrat, hoje Igreja Matriz. 
Tomé Rodrigues Nogueira do Ó é considerado fundador de Baependi, sendo um dos primeiros moradores desta localidade. Natural de Funchal, Ilha da Madeira, filho de Antônio Nogueira e Francisca Fernandes do Vale. Com seu falecimento em 1741, suas terras foram divididas em glebas entre seus filhos. No Engenho, junto à casa, estava edificada a capela de Nossa Senhora de Montserrat, uma construção rústica, feita de taipas e paliça, onde se encontrava a imagem da santa de devoção da familia.

No ano de 1752 o pequeno povoado se tornou freguesia, até que em 1814 se tornou Vila em 1855 foi separada da Comarca do Rio das Mortes, passando a ser sede da Comarca e finalmente, no dia 2 de maio de 1856 foi elevada à categoria de cidade.

Em 1814 o arraial foi elevado a categoria de Vila, com denominação de Santa Maria de Baependi, território desmembrado do termo da vila de Campanha da Princesa (mais tarde Campanha). Em 1855 foi criada a comarca de Baependi, da qual também faziam parte Aiuruoca e Cristina.